El Hospital San Rafael de Tunja alcanzó la certificación de los Sistemas de Gestión Ambiental bajo la Norma ISO 14001:2004 y el Sistema de Gestión de Seguridad  y Salud en el Trabajo  OSHAS 18001:2017 , basados en los ejes del sistema único de  acreditación en salud  definidos por el Ministerio de Salud y Protección Social. Con lo anterior, la institución obtuvo ciertos  beneficios como:

• Adopción de comportamientos seguros por parte de todos los trabajadores, minimizando el riesgo de accidentes dentro de la organización.
• Mejora de la imagen de la empresa, ocasionando un compromiso en materia ambiental y de seguridad.
• Promueve la integración con otros sistemas de Gestión dentro de la institución
• Garantiza el cumplimiento de la legislación legal vigente.
• Impacta en el posicionamiento de una cultura de mejora continua.

En la actualidad hay cuatro hospitales a nivel nacional certificados por el ICONTEC en estas dos normas: Tres son Empresas Sociales del Estado de estos, dos están ubicados en Antioquia, uno en el Valle del cauca y el último en Nariño, en este sentido la E.S.E Hospital San Rafael Tunja sería la quinta institución pública en materia hospitalaria en obtener este reconocimiento y la primera en Boyacá.